La famiglia dei Flavi, a cui appartenne Flavio Clemente, era originaria probabilmente di Rieti. Il valore, la capacità, l'intraprendenza di alcuni suoi membri consentirono a questi provinciali, non appartenenti all'antica aristocrazia, il raggiungimento, a metà del secolo I, delle più alte cariche dello Stato. Flavio Vespasiano, poi, venne proclamato imperatore nel 69 iniziando la dinastia dei Flavi. Flavio Clemente, figlio di Flavio Sabino, fratello dell'imperatore Vespasiano, poté egli pure raggiungere altissime cariche essendo stato proclamato console nel 95. Aveva sposato una parente, Flavia Domitilla, da cui ebbe sette figli, due dei quali, destinati alla successione imperiale, giacché il cugino Domiziano, succeduto a Tito nell'81, era senza prole. Le fortune della famiglia vennero però improvvisamente troncate da Domiziano. Infatti, negli ultimi anni del suo impero, divenuto quanto mai sospettoso e crudele, fece eliminare molte persone, ritenute a lui avverse. Iniziò anche una persecuzione contro i giudei e i cristiani, quantunque non si sappiano precisare esattamente i motivi addotti per la condanna di questi ultimi. Anche Flavio Clemente venne coinvolto nella persecuzione domizianea. La grande maggioranza degli storici ritiene che egli sia caduto in disgrazia perché aveva fatto professione di Cristianesimo. Sia Svetonio, sia Dione Cassio parlano esplicitamente di condanna, ma per il motivo usano espressioni molto generiche. Il testo di Svetonio dice: «Denique Flavium Clementem patruelem suum, contemptissimae inertiae... repente ex tenuissima suspicione tantum non ipso eius consulatu interernit » (Domit., 15, 1). A sua volta Dione Cassio riferisce: «in questo anno (95) Domiziano mandò a morte con molti altri, Flavio Clemente, allora console, benché fosse suo cugino e avesse in moglie Flavia Domitilla, sua parente. Tutti e due furono condannati per il delitto di ateismo. Secondo questi capi di accusa furono condannati molti altri, che avevano seguito i costumi giudaici: alcuni furono uccisi, altri puniti con la confisca dei beni» (Historia romana, LXVII, 13-14). Come si vede nessun accenno al Cristianesimo; ma dalle fonti contemporanee sappiamo che i cristiani per la loro vita riservata erano ritenuti quasi degli ignavi (contemplissimae inertiae di Svetonio) e soprattutto furono accusati di ateismo, come attestano gli apologisti cristiani. Può darsi che Flavio Clemente, non volendo compiere un atto di culto pagano, abbia dato a Domiziano il motivo per condannarlo. Nell'antichità non c'è menzione di culto; al 9 novembre il Martirologio Geronimiano elenca un Clemente che, peraltro, difficilmente può essere identificato con Flavio Clemente. Nel 1725 furono scoperte nella basilica di San Clemente al Celio delle reliquie che furono credute quelle di Flavio Clemente. Il Martirologio Romano ne ricorda la traslazione il 22 giugno.

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